• Gemeinschaft Hamburger Hauptkirchen

Im Gemeinschaftswerk der Hamburger Hauptkirchen sind die fünf Hauptkirchen St. Petri, St. Nicolai, St. Katharinen, St. Jacobi und St. Michaelis miteinander verbunden. Im Gemeinschaftswerk werden gemeinsame Projekte geplant und die jeweiligen Programme aufeinander abgestimmt. Alle zwei Monate ist es Herausgebet des kostenlosen Veranstaltungskalenders „Kirche für die Stadt“.

• Ökumenisches Forum HafenCity

In der HafenCity lassen Kirchen verschiedener Konfessionen die christliche Ökumene lebendig werden. Das Ökumenische Forum HafenCity lädt Menschen in der HafenCity ein und bildet die Brücke zu den Kirchen der Stadt.

• Universität Hamburg

St. Katharinen ist traditionell die Kirche der Universität Hamburg. Universitätsprediger haben ihren festen Platz im Gottesdienstplan der Gemeinde und sind beratend im Kirchenvorstand tätig. Regelmäßig gestalten Lehrende und Studierende der evangelischen Theologie im Rahmen der Ausbildung an St. Katharinen Gottesdienste.

• Pädagogisch-Theologisches-Institut

Das Pädagogisch-Theologische-Institut (PTI) hat an St. Katharinen einen festen Platz in der kirchenpädagogischen Arbeit der Gemeinde und in der Begleitung und Ausbildung von Ehrenamtlichen. Angeleitet von geschulten Relgionspädagogen des PTI erkunden Schüler- und Konfirmandengruppen die Kirche und erfahren St. Katharinen als besonderen Lernort.  

• Nagelkreuzgemeinschaft 

Wer im November 2005 die Einweihungsfeierlichkeiten rund um die Frauenkirche in Dresden verfolgt hat, dem begegnete mit einiger Sicherheit das Symbol der Versöhnung aus Coventry – das Nagelkreuz. Auch St. Katharinen hat so ein Nagelkreuz.

• Partnergemeinde St. Katharinen, St. Petersburg

Die gleichnamige Gemeinde im russischen St. Petersburg konnte nach der Perestroia im Jahre 1990 wieder auferstehen. Die kleine Gemeinde steht im engen Kontakt mit ihrer Hamburger Schwestergemeinde.