Die Hauptkirche St. Katharinen ist die dritte in der Reihe der fünf Gemeindekirchen des alten Hamburgs. Sie wurde Mitte des 13. Jahrhunderts gegründet, als durch Eindeichung der Stadt neue Gebiete gewonnen wurden. Die Schiffsbauer und Bierbrauer wohnten hier; später lebten im Brookviertel wohlhabende Kaufleute.

Patronin und Namensgeberin von St. Katharinen ist Katharina von Alexandrien. Nach der Legende war sie eine Prinzessin aus Zypern, die in den Christenverfolgungen ihrem Glauben treu blieb und ihn gegen Autoritäten des Unglaubens überzeugend verteidigte. Kaiser Maxentius (+ 313) in Alexandria ließ sie aufs Rad spannen und foltern. Aber ein Blitz zerbrach das Rad und erst das Schwert machte ihrem Leben ein Ende.

St. Katharinen ist im Laufe ihrer Geschichte wiederholt Stätte hervorragender geistiger Auseinandersetzung gewesen. In ihr wurde in dieser Stadt zuerst evangelisch gepredigt. Philipp Nicolai, Dichter herrlicher Kirchenlieder ("Wachet auf, ruft uns die Stimme" und "Wie schön leuchtet der Morgenstern"), war um 1600 hier Hauptpastor. Der berühmte Barockorganist Jan Adam Reincken, dessentwillen J.S. Bach nach Hamburg pilgerte, war Mitbegründer der Hamburgischen Oper. Zu Beginn der Aufklärung stritt sich Hauptpastor Johann Melchior Goeze mit Gotthold Ephraim Lessing um die christliche Wahrheit. Volkmar Herntrich war als Hauptpastor von St. Katharinen und Bischof eine treibende Kraft für den Wiederaufbau der zerstörten Hamburger Kirchen nach dem 2. Weltkrieg.

Die Kirche wurde 1943 schwer beschädigt; die reiche Innenausstattung verbrannte fast vollständig. Das Äußere konnte nach alten Plänen wieder hergestellt werden. Die Gemeinde, die schon 1890 für die Gründung des Freihafens und den Bau der Speicherstadt die Brookinsel räumen musste und damit 20.000 Menschen verlor, schrumpfte durch Kriegszerstörungen und spätere Stadtplanung weiter zusammen. Mit dem Bau der Hafencity bekommt St. Katharinen ihr altes Gemeindegebiet zurück und beteiligt sich bei der Entwicklung des neuen Stadtteils. Als City-Kirche hat sie den Auftrag, ergänzend zu den Ortsgemeinden, eine "Kirche für die Stadt" zu sein. Sie ist gleichzeitig Universitätskirche und in Hamburg bekannt als ein Zentrum der Kirchenmusik.