Kooperationen
Gemeinschaft Hamburger Hauptkirchen
Im Gemeinschaftswerk der Hamburger Hauptkirchen sind die fünf Hauptkirchen St. Petri, St. Nicolai, St. Katharinen, St. Jacobi und St. Michaelis miteinander verbunden. Im Gemeinschaftswerk werden gemeinsame Projekte geplant und die jeweiligen Programme aufeinander abgestimmt. Alle zwei Monate ist es Herausgeber des kostenlosen Veranstaltungskalenders „Kirche für die Stadt“.
Ökumenisches Forum HafenCity
In der HafenCity lassen Kirchen verschiedener Konfessionen die christliche Ökumene lebendig werden. Das Ökumenische Forum HafenCity lädt Menschen in der HafenCity ein und bildet die Brücke zu den Kirchen der Stadt.
Universität Hamburg
St. Katharinen ist traditionell die Kirche der Universität Hamburg. Universitätsprediger haben ihren festen Platz im Gottesdienstplan der Gemeinde und sind beratend im Kirchenvorstand tätig. Regelmäßig gestalten der Universitätsprediger und Studierende der evangelischen Theologie Universitätsgottesdienste in St. Katharinen, die in der Regel während der Vorlesungszeit im Semester vierzehntägig als Abendgottesdienste (sonntags um 18 Uhr) stattfinden.
Als Predigerinnen und Prediger wirken in diesen Gottesdiensten vor allem Hochschullehrer aus dem Fachbereich Evangelische Theologie mit; immer wieder werden auch Gastprediger aus anderen Bereichen der Universität, aber auch aus dem kulturellen Leben Hamburgs eingeladen. In jeweils einem Gottesdienst im Semester wird die Predigt von Studierenden aus dem Vorbereitungskreis der Universitätsgottesdienste gehalten.
Nagelkreuzgemeinschaft
Wer im November 2005 die Einweihungsfeierlichkeiten rund um die Frauenkirche in Dresden verfolgt hat, dem begegnete mit einiger Sicherheit das Symbol der Versöhnung aus Coventry – das Nagelkreuz. Auch St. Katharinen hat so ein Nagelkreuz.
Partnergemeinde St. Katharinen, St. Petersburg
Die gleichnamige Gemeinde im russischen St. Petersburg konnte nach der Perestroika im Jahre 1990 wieder auferstehen. Die kleine Gemeinde steht im engen Kontakt mit ihrer Hamburger Schwestergemeinde.